Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta untuk Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas Amerika terkemuka, meskipun prestasi sekolahnya tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Kediaman kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang didorong oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh jasa intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo menonjol sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Tidakewmatnya, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
